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中國農業科學院植保所搭建作物黃萎病菌資源和基因組數據庫

   2020-11-16 中國農業科學院植物保護研究所2846
  近日,中國農業科學院植物保護研究所作物黃萎病研究團隊與美國加州大學戴維斯分校聯合牽頭的“全球黃萎病菌基因組研究”計劃取得重要進展,搭建國際上第一個作物黃萎病菌資源和基因組數據庫(Verticilli-Omics)正式上線。用戶可在該網站查閱收錄的菌種資源信息、測序菌株基因組可視化展示、數據挖掘和分析等工作。

  大麗輪枝菌是一種毀滅性的土傳維管束病原真菌,曾與馬鈴薯晚疫病病原并列為世界頭號檢疫對象,寄主廣泛,年均損失近百億美元。大麗輪枝菌種群結構極其復雜,然而以往研究受限于病原遺傳資源來源數量少、樣本代表面狹窄問題,導致種群結構劃分混亂、種群演化路徑不清,研究結論容易碎片化,制約了人們對該病原種群結構及其演化機制的系統全面理解,以及農業生產實踐中對其進行分子流行監測與防控。我院作物黃萎病研究團隊圍繞大麗輪枝菌菌種資源遺傳多樣性不足問題,與美國加州大學戴維斯分校聯合組織國內外16家單位開展協同攻關,構建了迄今為止來源國家和寄主最為系統、基因型最為全面的菌種資源庫,發起了“全球黃萎病菌基因組研究”計劃,完成了159株大麗輪枝菌全基因組及3624株基因組重測序工作,搭建了Verticilli-Omics數據庫開始線上運行。

  Verticilli-Omics數據庫1.0版本優先釋放了菌種資源和全基因組數據。菌種資源數據庫收錄了來源10個國家26個寄主共8102份黃萎病菌菌種資源,為迄今為止遺傳多樣性最豐富的菌種資源數據庫;全基因組數據庫釋放了159個大麗輪枝菌全基因組數據,占目前已釋放大麗輪枝菌基因組總數的85%;搭建了基因組可視化、基因組注釋信息、基因功能檢索、基因組家族聚類、基因比對、基因多樣性鑒定、致病相關基因富集等檢索和分析通道。團隊目前正在開展Verticilli-Omics數據庫2.0版本構建工作,將整合重測序的大麗輪枝菌基因組搭建遺傳變異組數據庫。

  Verticilli-Omics數據庫在線將為作物黃萎病研究領域提供重要的數據資源和共享服務,同時也為合作團隊后續構建全球大麗輪枝菌種群結構參考“基線”并闡明其演化機制、建立完善的種群分子流行監測技術體系提供重要支撐。

  該研究工作得到國家重點研發計劃政府間國際科技創新合作重點專項(2018YFE0112500)、中國農科院國家科技創新工程等資助。

  Verticilli-Omics數據庫網址:https://db.cngb.org/Verticilli-Omics
 
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